Documentata per la prima volta nel 1174, la Rocca era stata costruita come castello feudale tedesco.
Federico di Svevia, il futuro imperatore Federico II vi passò alcuni anni della sua infanzia (fu infatti battezzato ad Assisi nel 1197, all‘età di tre anni), affidato alle cure di Corrado di Urslingen.
Un anno più tardi, durante un‘assenza di Corrado, durante dei moti popolari indipendentisti, la Rocca fu distrutta dagli Assisani.
Soltanto nel 1367 il Cardinale Albornoz la ricostruì riutilizzando le mura merlate esterne occidentali e parti delle mura interne.
Nel 1458 il Signore di allora, Jacopo Piccinino, fece costruire il torrione dodecagonale e il lungo muro di collegamento; Papa Sisto IV restaurò il mastio nel 1478 e Paolo III fece erigere nel 1535-38 il torrione circolare vicino all‘ingresso.